ดร.มหาเดร์ มูฮัมหมัด ได้ขอพระราชทานอภัยโทษ นายอันวาร์ อิบราฮิม ทันที หลังขึ้นเป็นนายกฯ มีการถูกปล่อยตัวอย่างรวดเร็ว
นายอันวาร์ อิบราฮิม ได้รับการปล่อยตัวจากที่คุมขัง ตามคำมั่นสัญญาของ ดร.มหาเดร์ โมฮัมหมัด นายกรัฐมนตรีมาเลเซียคนใหม่ ที่สัญญาว่าจะขอพระราชทานอภัยโทษให้อันวาร์ทั้งหมด และจะมอบตำแหน่งนายกรัฐมนตรีให้หลังจากนี้อีก 2 ปี ซึ่งหลังจากที่ราชาธิบดีมาเลเซีย ได้รับพระราชทานอภัยโทษ นายอันวาร์ อิบราฮิม ก็มีโอกาสขึ้นเป็นนายกรัฐมนตรีคนต่อไป ขณะเดียวกันก็แต่งตั้งภรรยาของอันวาร์ขึ้นมาเป็นรองนายกรัฐมนตรีคนที่ 1
นายอันวาร์เคยเป็นรองนายกรัฐมนตรีสมัยที่มหาเธร์เป็นนายกรัฐมนตรีเมื่อ 20 ปีก่อน เขาเป็นนักการเมืองดาวรุ่งที่คนคาดว่าจะมาเป็นนายกรัฐมนตรีมาเลเซียต่อจากมหาเดร์ แต่มีปัญหาความเธร์กับอันวาร์ขัดแย้ง นายอันวาร์ถูกปลดออกจากตำแหน่งในปี 1998 หลังจากนั้น มหาเธร์ก็กล่าวหาว่าอันวาร์ใช้อำนาจโดยมิชอบ ทำให้อันวาร์ถูกจำคุกในปี 1999 และในปีถัดมาเขาก็ถูกตั้งกล่าวหาว่ามีเพศสัมพันธ์ทางทวารหนักกับผู้ช่วยชาย จึงถูกเพิ่มโทษอีก 9 ปี
